La deuxième saison de Kamisama HajimemashitaNanami Momozono et ses familiers Tomoe et Mizuki ont survécu à de nombreux défis depuis que Nanami a pris le manteau du dieu patron du sanctuaire Mikage. Naturellement, le dieu du vent Otohiko vient inviter Nanami à l'Assemblée Divine à Izumo, la maison des dieux, et Nanami choisit d'emmener Mizuki avec elle, laissant Tomoe poser comme elle à l'école. Cependant, elle a un autre motif pour assister à l'Assemblée Divine : découvrir où se trouve le Seigneur Mikage disparu, l'ancien dieu du sanctuaire. Après ses aventures à Izumo, Nanami rencontre Botanmaru, un enfant tengu à la recherche de quelqu'un qu'elle connaît trop bien – tengu devenu l'idole Shinjirou Kurama. Botanmaru a besoin de Shinjirou, leur prince, pour rentrer au mont Kurama et arrêter la tyrannie de Jirou, qui a pris le pouvoir de leur ville natale. Cependant, Nanami découvre bientôt une force beaucoup plus sombre que Jirou est à l'œuvre sur la montagne. Comme un dieu naissant de plus en plus habitué à la divinité, Nanami se retrouve face à une rébellion teng, ses sentiments florissants pour Tomoe, et un homme étrange avec des liens avec le passé de Tomoe et l'avenir de Nanami.