Un jeune garçon nommé Jiro trouve sa mère et sa sœur assassinées chez lui. Faux accusé de ce crime, il s'enfuit de son village et rencontre un prêtre nommé Tenkai, qui lui fait tuer un ninja voyou nommé Tarouza. Après avoir accompli cette tâche, Jiro suit une formation pour devenir maître assassin. Plusieurs années plus tard, Jiro découvre qu'il était orphelin et que son vrai père était Tarouza, qui avait travaillé pour Tenkai jusqu'à ce qu'il ait avorté sa mission quand il est tombé amoureux d'une femme Aïnu. Le jeune ninja découvre que le Shogunat devait récupérer le trésor perdu du capitaine Kidd et l'utiliser pour isoler à nouveau le Japon du reste du monde. En utilisant les indices que Tarouza avait gardés secrets, Jiro - avec la femelle ninja Oyuki et un esclave nommé Sam - voyage en Russie et en Amérique pour chercher le trésor dans l'espoir de l'utiliser pour extraire vengeance de Tenkai.