L'histoire a lieu à Kisshou City, l'une des rares oasis restantes entourée de terres sans vie dévastées par une longue guerre mondiale. Les épaves d'armes humanoïdes, appelées Legacies, sont recueillies et assemblées par les habitants de la ville. Un jour, une bande de bandits s'approche de la ville pour saisir les secrets cachés dans les Legacies. Le maire décide de les intercepter avec un robot spécial, qui est resté intact depuis la guerre. Un adolescent Yamato est appelé pour le pilote. C'est juste un joueur ordinaire qui ne connaît même pas la crise de la ville.