Kotatsu Neko est basé sur un film d'action en direct de science-fiction / romance fantastique du même nom qui a été publié au Japon en 2006. L'histoire se déroule dans un certain quartier de Tokyo où deux chats vivent sous un koatsu. Shito est un chat blanc, alors que Zero est un chat noir. Le propriétaire du chat, Rei Junior Fujisaki, est un hikikomori obsédé par les jeux. Il aime une fille dans sa classe, mais naturellement, il ne peut pas travailler le culot de lui dire. Shito elle-même a un amour secret à sens unique aussi.