Dans un avenir lointain, les humains abandonnent une Terre dévastée et se rendent dans l'espace. Cependant, en raison d'un phénomène inconnu qui les empêche de voyager dans l'espace, l'humanité ne revient sur Terre que pour le trouver inhospitalier, à l'exception du Japon. Pour accueillir toute la population humaine, des dimensions de poche sont créées autour du Japon pour loger dans la population. Afin de trouver un moyen de retourner dans l'espace, les humains ont commencé à réagir l'histoire humaine selon le Testament du livre saint. Mais en l'an 1413 de l'ère du Testament, les nations des dimensions de poche envahissent et conquièrent le Japon, divisant le territoire en fiefs féodaux et forçant les premiers habitants du Japon à partir. C'est maintenant l'année 1648 de l'ère du Testament, les réfugiés du Japon vivent maintenant dans le bateau de ville Musashi, où il voyage constamment autour du Japon tout en étant surveillé par l'Union du Testament, l'autorité qui dirige la reconstitution de l'histoire. Cependant, les rumeurs d'apocalypse et de guerre commencent à se répandre lorsque le Testament cesse de révéler ce qui se passe après 1648. Profitant de cette situation, Toori Aoi, chef de la Fédération Suprême de l'Académie Musashi Ariadust et président du conseil étudiant, conduit ses camarades de classe à profiter de cette occasion pour retrouver leur patrie.