Magician's Academy tourne autour de Takuto Hasegawa, qui fréquente une académie magique qui n'est marquée sur aucune carte. Lors d'un examen d'appel, il crée accidentellement une fille nommée Tanarot, qui détient assez de pouvoir magique pour détruire son pays, mais heureusement Tanarot professe une loyauté indéfectible à son créateur.