C.E. 71: Au milieu de la guerre entre les Naturals (OMNI) et les Coordinators (ZAFT), une unité de ZAFT est envoyée pour détourner les combinaisons mobiles nouvellement développées de l'Alliance de la Terre sur la colonie neutre d'Héliopolis. La Coordonnatrice Civile Kira Yamato assiste au collège technique d'Héliopolis. Après que ZAFT ait détourné 4 des 5 combinaisons mobiles, Kira tombe sur le dernier, Strike, forcé à le piloter pour sauver sa vie et celle de son ami. Au cours de cette confusion, Kira retrouve également son ami coordonnateur d'enfance, Athrun Zala, qui s'avère ironiquement être un soldat ZAFT et un des pirates de l'air à Heliopolis. Ayant le contrôle de la grève, Kira rejoint l'Alliance de la Terre à bord du navire connu sous le nom d'Archange, pour protéger ses amis tout en désespérant de devenir l'ennemi de son ami d'enfance et des gens. Note: Un remaster HD a été diffusé à partir du 23 décembre 2011 avec deux épisodes de récapitulation coupés, y compris l'animation nouvelle et mise à jour, la conversion en 16:9, et la musique mise à jour.