En 2059, la terre est ravagée par les extraterrestres depuis plusieurs années. Afin d'en apprendre davantage sur ces extraterrestres, le Dr Noguchi et ses assistants Maki Agata et Takuto Kenishiro tentent de relancer l'expérience du professeur, un grand extraterrestre biomécanique nommé Frank. Pendant ce processus, l'extraterrestre vient à la « vie » et le laboratoire est ensuite détruit laissant Takuto le seul survivant et l'extraterrestre disparaissant dans la nature. Tandis que Frank erre dans le désert, il rencontre Hattie, une jeune fille affligée dont les parents sont tués lors de la première « rencontre rapprochée ». Curieusement, elle est en mesure de communiquer avec Frank et peu de temps après qu'ils ont été placés en détention par une agence secrète connue uniquement sous le nom de "Funeral". Pendant ce temps, Takuto se réveille dans un lit d'hôpital avec sa vie en fanges, et son visage défiguré. Motivé par la vengeance et la rupture du cœur, Takuto accepte une offre du mystérieux 'M. X' et reçoit une nouvelle identité en tant qu'officier funéraire de rang nommé Ryu Soma.