Affecté à une mission de capture de Mukade, un nin manquant, Naruto Uzumaki part pour les ruines historiques autrefois glorieuses d'Ouran, où il poursuit et coince le ninja voyou. Le but de Mukade se révèle être une lyline dormante dans les ruines ; il libère le pouvoir de la lyline, provoquant une lumière pour envelopper Naruto, l'envoyant dans le passé, 20 ans avant le début de la série. Lorsque Naruto se réveille, il entre en contact avec le quatrième Hokage, Minato Namikaze.