Kenji Fujikido est un salarié dont la femme et l'enfant ont été tués dans une guerre de ninja. Au pinceau de sa propre mort, Fujikido est possédé par une âme ninja énigmatique connue sous le nom de Naraku Ninja. Fujikido triche la mort et devient la Tueuse de Ninja - un Grim Reaper destiné à tuer le ninja maléfique, commis à une guerre personnelle de vengeance. Situé dans le monde dystopique de Neo-Saitama, Ninja Slayer prend sur Soukai Syndicat ninja dans le combat mortel.