L'histoire se déroule dans la forêt d'Okoya, un paradis de Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l'intérieur. Le film se concentre sur Coco, un garçon qui a été élevé par Pokémon et qui se considère lui-même comme l'un d'eux, traitant le Mythique Pokémon Zarude comme son père. Ash et Pikachu rencontrent Coco pendant une aventure. Le film met l'accent sur le thème d'un humain soulevé par Pokémon, au lieu du focus des films précédents sur le lien entre un entraîneur humain et leur Pokémon.