Iwaki Tomonori est un garçon moyen de 15 ans qui aime les femmes plus âgées. Il se trouve qu'il a le béguin pour son professeur, mais peu après, apprend qu'elle s'est fiancée. Il rentre chez lui avec un cœur brisé, seulement pour trouver une fille de 12 ans nommée Rizel chez lui, à qui il apprend que le gouvernement japonais l'a épousé contre sa volonté. De plus, il apprend que Rizel n'est pas une fille ordinaire; elle est une humaine de génie biochimique, et ses créateurs (ses papas, comme on les appelle souvent) promettent de renoncer à plusieurs factures des parents d'Iwaki en échange d'être autorisés à rester à leur maison, et ainsi commence la vie d'Iwaki avec Rizel.