En 2201, un an après que Yamato ait sauvé la Terre de la contamination radioactive, une nouvelle menace émerge. Le Yamato fait son dernier voyage pour sauver la Terre de cette nouvelle menace. La Terre s'est presque remise de la bataille contre Gamilus, et la reconstruction s'est étendue aux autres planètes. Quand d'anciens camarades d'équipage de Yamato découvrent un étrange message garble qui semble provenir d'une comète blanche se dirigeant vers la Terre, ils détournent leur ancienne forteresse spatiale et commencent une nouvelle bataille.