Minato Sahashi est extrêmement intelligent, mais en raison de son incapacité à faire face sous pression a échoué l'examen d'entrée de l'université deux fois. En conséquence, il a été marqué un idiot et loser par beaucoup. Un jour après avoir parlé à sa mère encore déçue, il entre en contact avec une fille nommée Musubi qui a été attaquée. La fille court mais l'emmène avec elle et trouve bientôt que Minato, bien que inconnu de lui, est un Ashikabi, l'un des mystérieux ensembles de maîtres qui ont le caractère génétique qui peut devenir des partenaires avec certaines des 108 filles mignonnes, femmes buxom, et bishounen appelé Sekirei. La raison du partenariat permet aux Sekirei d'utiliser tout leur pouvoir pour gagner dans la compétition tenue par la mystérieuse société MBI.