Le chronomètre est un trésor légendaire qui a le pouvoir de manipuler le temps. L'incident de Susanoo s'est déroulé dans la capitale de Kyoto et s'est terminé avec la mort du shogun masqué, Mugensai. Ayant terminé de visiter la tombe de son ancien maître, Yoshida Shouin, Takasugi Shinsaku et son partenaire, Katsura Kogorou, reviennent à Kyoto une fois de plus. Soudain, la terre tremble et le ciel s'ouvre, et le chronomètre, censé avoir été détruit, apparaît d'une faille dans l'espace-temps. Maintenant avec une volonté propre, le chronomètre commence à se lancer sur un rampe incontrôlable!!