Shuuji et Chise sont élèves de troisième année dans une école secondaire à Hokkaido. Le timide Chise confesse enfin à Shuuji, et enfin les deux commencent à échanger journal maladroitment. Un jour, Shuuji tente de s'échapper d'un raid aérien soudain contre Sapporo. En s'échappant désespérément du raid aérien, Shuuji voit une scène qu'il ne pouvait oublier pour sa vie. Il voit Chise, avec une arme énorme qui ressemble à une partie de sa main, tirer sur les combattants ennemis un par un. Apparemment, Chise est l'arme ultime avec un pouvoir destructeur qui est important pour la guerre.