Yumi Ikoma et Ryou Masaoka sont des enfants qui ont été choisis pour participer à une mission top secrète, pour être les pilotes des premières unités de combat Fafner ; la dernière chance de survie pour la race humaine. L'ennemi est impitoyable, sans remords et il est capable de lire les esprits des humains. Par conséquent, les détails de cette mission sont gardés secrets même du personnel concerné. Les jeunes pilotes doivent utiliser tout leur courage et leur foi pour survivre et achever leur mission ou le sort de l'humanité serait compromis.