Cette aventure haut vol commence quand Pazu, un apprenti ingénieur, trouve une jeune fille, Sheeta, flottant du ciel portant un pendentif brillant. Ensemble, ils découvrent les deux sont à la recherche d'un château flottant légendaire, Laputa, et le vœu de démêler le mystère du cristal lumineux autour du cou de Sheeta. Leur quête ne sera cependant pas facile. Il y a des pirates aériens avides, des agents secrets du gouvernement et des obstacles stupéfiants pour les empêcher de la vérité, et de l'autre.