Index est toujours un fugitif, et de nombreuses organisations et individus magiques puissants veulent l'emmener pour utiliser les livres dans sa mémoire, l'éliminer dans le processus. La guerre entre ces organisations commence également à émerger. Index ne peut compter que sur son amie Touma, qui l'a toujours protégée, avec Misaka et d'autres amis de l'Académie.