Shindou Ranmaru vient d'être diplômé de l'académie de police et affecté à Tokko: Special Mobile Investigation Force. Le jour de son diplôme, il rencontre la fille à moitié nue qu'il a vue dans ses rêves. Son nom est Rokujo Sakura et elle travaille pour un groupe secret au sein de Tokki, connu sous le nom de Tokko: Special Public Safety Task Force. Shindou finit par rejoindre Tokko pour venger la mort de ses parents, et résoudre le mystérieux meurtre de masse de résidents dans sa ville natale de Machida. Pendant ce temps, des fosses sans fond commencent à apparaître autour du Japon, et des créatures mystérieuses émergent d'eux. Ces événements pourraient-ils être liés à Machida Massacre ?