C'est l'année 2201. Le Yamato est revenu de la bataille dévastatrice avec l'empereur Zordar et l'Empire comète. Sanada, Aihara et Shima sont libérés de l'hôpital et vont rendre hommage aux membres de l'équipage tombés au mémorial d'Okita. Ils rencontrent Tasuke, le fils de Tokugawa, qui dit qu'il se joindra à l'équipage une fois qu'il aura terminé ses études de cadet. Le lendemain à son diplôme, il finit par chavirer un bateau plein de nouveaux cadets parce qu'ils sont tous trop occupés à regarder le Yamato pour regarder où ils vont. Après quelques problèmes lors du lancement en raison de la nouvelle équipe de moteurs qui a heurté les mauvais commutateurs et décroché le navire, le Yamato part pour une mission d'entraînement simple.