L'agent spécial des États-Unis Leon S. Kennedy se faufile dans un petit pays d'Europe de l'Est pour vérifier les rumeurs selon lesquelles les armes biologiques (B.O.W.) sont utilisées dans la guerre. Juste après son infiltration, le gouvernement américain lui ordonne de partir immédiatement. Déterminé à découvrir la vérité, Léon ignore l'ordre et entre sur le champ de bataille pour mettre fin à la chaîne des tragédies causées par les B.O.W.