Cross Academy est un internat d'élite avec deux classes séparées et isolées : la classe de jour et la classe de nuit. À la surface, Yuuki Cross et Zero Kiryu sont les préfets de l'académie, et tentent de maintenir l'ordre entre les élèves pendant que les cours tournent le soir. Comme la classe de nuit est pleine d'élites absolument magnifiques, cela peut parfois se révéler un peu difficile. Il est tout à fait nécessaire, cependant, car ces élites sont en fait des vampires. Yuuki et Zero agissent comme gardiens, protégeant les secrets de la classe de nuit et la sécurité de la classe de jour ignorante. En tant que fille adoptive du président de l'académie, Yuuki prend son travail avec une attitude sérieuse et énergique. Il lui permet également d'interagir avec son écrasement secret et son sauveur, le président de la classe de nuit, Kaname Kuran. Zéro, par contre, a une haine profondément enracinée contre les vampires, et parfois, n'hésite pas à tuer. Les vampires et les humains peuvent-ils coexister, même dans le cadre strict de la Cross Academy ? Seul le temps le dira.