Wagamama High Spec tourne autour de Kouki Narumi, un lycéen qui dessine également un manga en série dans un magazine hebdomadaire. Parce que la manga qu'il dessine est une comédie romantique risqué, il garde ce fait secret de tout le monde autour de lui, avec sa jeune sœur Toa et son meilleur ami Mihiro étant les seuls à le savoir. Mais un jour, alors que le président du conseil étudiant Kaoruko Rokuonji cherche des membres masculins pour le conseil étudiant, il découvre que Kouki est l'auteur de la manga. Kouki rejoint le conseil étudiant en échange de Kaoruko ne révélant pas son secret. Cependant, le vice-président, Ashe R. Sakuragi, s'oppose fermement à son adhésion, et au milieu de tout cela, diverses demandes et troubles des étudiants commencent à s'accumuler.