Deux paires de jeunes amants s'embrouillent dans une guerre entre deux royaumes rivaux, l'Isa primitive mais resplendissante et le Paro militariste mais indiscipliné. Izu et sa jeune femme, Marin, sont de simples fermiers qui vivent dans le village sans prétention de Saki, qui se trouve directement entre Isa et Paro. Bien que Saki n'ait pas la beauté d'Isa ni les machines de guerre de Paro, ils possèdent un magnifique arbre connu sous le nom de Windaria, auquel les villageois donnent leurs prières en échange de bons souvenirs. Quand la guerre éclate, Izu décide de rejoindre l'armée de Paro, enthousiasmée par la fantastique moto qui lui est donnée en pot de vin. Avant qu'il ne parte, ils font chacun un vœu: Il reviendra définitivement vers elle, et jusqu'à ce qu'il le fasse, elle l'attendra. Les deux autres amants sont Jill, le prince de Paro, et Ahanas, la princesse d'Isa. Au départ, ils ne veulent rien faire avec le conflit qui s'aggrave rapidement, mais après que le père de Jill, le roi de Paro, meurt par la main de son fils dans une altercation au cours de la guerre, Jill n'a guère d'autre choix que de réaliser le dernier souhait de son père : la prise d'Isa. Le seul problème est qu'il avait promis à son bien-aimé, Ahanas, qu'il ne s'impliquerait pas. Windaria est une parabole de guerre située dans une terre imaginaire de licornes et de vaisseaux fantômes.