L'histoire commence par un face-à-face entre deux héros rivaux, ZET et ALPHAS, puis retrace leurs origines - Jin Kanzaki, un jeune homme capable de se transformer en un être surhumain appelé ZET, et Kouga Amagi, un jeune homme avec un fort sens de la justice qui utilise la technologie pour se battre comme ALPHAS. Les sorts de ces deux hommes et de ceux qui les entourent s'entremêlent pour protéger l'humanité et détruire des abominations monstrueuses, connues sous le nom de Joueurs, qui sont ironiquement les créations de la Société Amagi, la société fondée par le grand-père de Kouga&rsquo, Mitsugai Amagi.