Maintenant qu'Adol Christen a sauvé la terre d'Esteria du mauvais prêtre Dark Fact, Adol et les deux prêtresses voyagent dans la terre flottante d'Ys, où le mal a une influence encore plus grande sur le peuple et personne n'a d'espérance. L'avenir de Ys tombe à Adol, héritier des pouvoirs des prêtres et le seul qui puisse montrer aux gens de Ys la vérité sur leur monde. Mais, à mesure que le pouvoir d'Adol grandit, il peut être celui qui sauvera Ys -- ou la détruirea.