Après qu'un météore ait frappé la Terre, les forces de traîtres ont pris le dessus (pour toutes les intentions) et les gens souffrent. Dans le chaos, un garçon du nom de Tetsuro Daiba, qui avait perdu ses parents dans le coup de météorite, reçoit la visite de Mello, une mystérieuse femme qui apparaît sous une lumière éclatante. Quand Daiba arrive, il se retrouve dans une infirmerie sous observation. Volant un combattant qu'il ne savait pas piloter (jusqu'à ce qu'il l'ait essayé), il éclate, volant comme un pro total. Il a pu se rappeler comment piloter à partir de sa mémoire ADN... et en savoir plus, son ami médecin l'emmène dans son labo clandestin secret, dans lequel il agit comme professeur pour trouver des moyens d'arrêter le régime traître. Quand les forces envahissent pour le reprendre, une fille du nom de Rei Yuuki tire mystérieusement sur leur porte-avions avec seulement un avion de chasse ! Apparemment, les deux ont des pouvoirs mystérieux que les ennemis veulent, qui peuvent ou non être liés à leur être les deux seuls survivants connus de l'impact de météorite. Tout en cherchant un troisième survivant (qui s'est avéré être un chat), les deux sont emmenés par la force à la Reine Photon (chef du régime traître), qui prétend être sortie pour sauver la Terre de ceux qui ont envoyé le Météor. Les deux ne savent pas s'il faut la croire ou Mello jusqu'à ce que le chat (télépathique) les fasse sortir de la chambre scellée de la Reine, et Mello vient pour redresser les choses. C'est là que les deux (er, trois) font un choix... Rester sur une planète qui ne peut pas soutenir leur course avancée, ou frapper à l'inconnu de l'espace ?