Lorsque le Dr. Eggman (Robotnik dans la version américaine) détient le président et sa fille otage, Sonic doit se conformer à la demande du savant maléfique d'aller à Eggmanland pour arrêter Black Eggman et désactiver le générateur de la ville avant qu'il atteigne la masse critique. Sonic sait peu que c'est un piège pour activer Hyper Metal Sonic, un homologue robot construit par Eggman pour détruire notre héros.