Après avoir été menacé d'extinction par les envahisseurs extraterrestres appelés Zentradi, l'humanité a entrepris la tâche de se garantir un avenir en lançant des flottes de navires de colonie dans l'espace. Sur Macross Frontier, l'une de ces flottes, l'élève du lycée, Saotome Alto, change à jamais : la flotte est soudainement attaquée par des créatures non identifiées alors qu'il effectue des cascades aériennes pour un concert de l'idole Sheryl, très populaire. Alto se retrouve rapidement dans le cockpit d'un chasseur de nouveau modèle qui lutte pour protéger Ranka Lee, une jeune fille qu'il a rencontrée quelques heures plus tôt, de la vague de destruction des envahisseurs. Notant son rendement durant cet incident, la compagnie militaire privée du S.M.S. Skull Squadron invite Alto à se joindre à leur organisation, où il continue à protéger ses amis et Macross Frontier.