Trois ans se sont écoulés après la bataille décisive de la fin de Yamato Takeru et la paix est revenue à la terre. Takeru, Oto et ses amis reviennent dans le village et continuent à vivre leurs jours dans la félicité jusqu'à ce qu'une nuit Shuranoo, piloté par Mikazuchi, marque un retour et apparaît dans le village pour causer des ravages. Takeru est laissé sans choix et est obligé de réactiver la Susanoo scellée de son sommeil. Cependant, ce n'est que le début d'une nouvelle menace, et Takeru doit se vaincre s'il veut sauver Oto du danger imminent.