Le monde a été divisé en deux moitiés par un mur géant pour prévenir l'épidémie de brouillard noir. Afin d'abriter les réfugiés, des villes artificielles appelées Arches ont été construites. Shido Enishi est détective privé, qui travaille à la neuvième Ark. Un jour, on lui demande de capturer un cambrioleur. Le cas apparemment simple l'amène à une grande conspiration.