Six mois se sont écoulés depuis la bataille contre la flotte de Kugel. Flotte qui a été libérée de la tyrannie de la machine calibre Striker est sur le point de rejoindre la flotte Gargantia, et de nouvelles personnes arrivent à bord. Ledo, tout en travaillant avec l'équipe de sauvetage, recueille des informations sur l'ancienne civilisation. Il cherche des réponses à des questions sur la raison pour laquelle l'humanité avait quitté la Terre et sur les causes des conflits entre l'humanité et l'Hideous. Ledo a approfondi son intérêt pour l'archéologie et explore l'histoire de l'humanité. Pendant ce temps, Amy enseigne à sa nouvelle recrue de messager, Leema, son travail. Leema est membre de la flotte originale de Kugel et après son démantèlement, elle avait commencé une nouvelle vie sur Gargantia.