C'est les années 2030. Le Boy Detectives Club se réunit sous Kogorou Akechi, le mystérieux détective. Le groupe résout les cas grands et petits en utilisant leurs compétences uniques. Un jour, un membre du club, Kensuke Hanazaki, rencontre le garçon Yoshio Kobayashi. Le corps de Kobayashi ne peut pas mourir à cause des effets de l'Inidentifiable Mist, mais il aspire à la mort, et fuit le contact avec d'autres personnes. S'intéressant à lui, Hanazaki l'invite à rejoindre le Boy Detectives Club. Leur rencontre est liée au sort qui unit Kogorou Akechi et le plus grand méchant de l'époque, le Fiend With Twenty Faces.