32 ans se sont écoulés depuis la défaite initiale des Invaders. A.E.G.I.S est tout sauf démantelé maintenant et est devenu une organisation souterraine composée seulement de quelques gardiens de porte laissés pour sauver l'humanité. L'un des membres, Ayane Isuzu, est malade de la société dans son ensemble, bien qu'elle continue à vaincre les Invaders par dépit pour son père. Soudain, elle apprend le renouveau de la machine générale (Kikai Shogun) et du comte du Diable (Akuma Hakushaku), mais une mystérieuse fille fantôme les accompagne maintenant. C'est à Ayane et aux restes de l'A.E.G.I.S de les arrêter et de sauver l'humanité une fois de plus.