La seconde cour de SYNDUALITY Noir. Malgré le retour victorieux d'une lutte dangereuse, Kanata et ses amis ont, dans un sens, perdu un allié clé, le magus noir amnésique. Ayant partiellement récupéré sa mémoire, Noir revient à son ancienne personnalité : celle de Mystère, qui agit de manière condescendante envers son maître Kanata. Cependant, Mystère se souvient avoir détecté un signal d'Histoire, une ville mystique, au cours de son ancienne vie comme un magus artificiellement intelligent. Pendant ce temps, Tokio disparaît de Rock Town tout en traquant les fantômes de son passé; cependant, des révélations choquantes attendent plus sa recherche va loin. Alors que Kanata, son ami d'enfance Ellie et le magus diva Ciel partaient pour Histoire, une organisation hostile nommée Ideal envoie des assassins après eux. Si Kanata veut avoir une chance d'accomplir son rêve, il doit découvrir la vérité désagréable sur Ideal – et certains de ses alliés les plus proches.