Takuya Kanbara est un gamin moyen de la ville qui reçoit un message texte d'une source inconnue lui demandant de monter dans un train vers son destin. Reprenant l'appel à l'aventure, il trouve le train en question et se dirige vers le monde numérique, actuellement menacé par le maléfique Cherubimon. Cherubimon et ses serviteurs consomment les éléments mêmes du monde numérique (son code fractal) pour augmenter leur propre puissance, et si rien n'est fait, alors le monde numérique entier sera dévoré. Mais tout n'est pas perdu. Takuya et les autres enfants choisis à bord du train héritent du pouvoir des dix guerriers légendaires qui ont sauvé le monde numérique dans un passé lointain, leur permettant de se transformer en Digimon. Avec leurs nouveaux pouvoirs, ils se battent pour reprendre le code fractal volé et restaurer le monde numérique fracturé à son ancienne gloire.