En entendant parler de l'île du trésor, Nobita rêve de découvrir et d'explorer sa propre île du trésor, malgré le fait que toute la Terre a déjà été cartographiée. Doraemon fournit à Nobita une carte spéciale du trésor qui lui montre l'emplacement d'une île au trésor. Dans le même temps, les médias annoncent la découverte d'une île complètement inconnue. Croire à la nouvelle île est l'île du trésor, Nobita recrute Doraemon et Shizuka pour voyager avec lui, avec Doraemon fournissant un navire. Gian et Suneo s'en vont aussi. Cependant, alors qu'ils s'approchent de l'île, ils sont soudainement attaqués par une bande de pirates.