Lucy est une race humaine spéciale appelée "Diclonius", née avec une courte paire de cornes et des mains télékinésiques invisibles qui la font victime d'expérimentations scientifiques inhumaines de la part du gouvernement. Cependant, une fois que les circonstances lui ont donné l'occasion de s'échapper, Lucy, corrompue par l'enfermement et la torture, déchaîne un torrent d'effusion de sang alors qu'elle échappe à ses ravisseurs. Au cours de son évasion, elle reçoit une blessure à la tête invalidante qui la laisse avec une double personnalité: quelqu'un avec la mentalité d'un enfant inoffensif possédant une capacité de parole limitée. Dans cet état d'instabilité, elle tombe sur deux étudiants, Kouta et sa cousine Yuka, qui, sans le savoir, prennent en charge un fugitif blessé, ignorant ses tendances meurtrières. Cet acte de gentillesse changera leur vie, car ils se retrouveront bientôt entraînés dans le monde obscur du secret gouvernemental et de la conspiration.