D'après l'histoire du maître de manga Leiji Matsumoto (The Cockpit, Queen Emeraldas), la vedette de 55 minutes reprend un an après les événements de Galaxy Express 999 dans lesquels un jeune garçon nommé Tetsuro et son compagnon maternel Matel ont travaillé à débarrasser l'univers sur l'Empire mécanisé qui avait repris la Terre.