Yagi Takeru vit dans la maison de la famille Touma depuis que ses parents sont partis. Il a été élevé par Touma Rokunosuke, le chef de la maison. Il est entouré par de nombreuses personnes telles que Yamato Takeshi, son meilleur ami du kendo club, les sœurs Shiratori, Kotono et Asuka, et son ami d'enfance, Oosu Seri. La vie a été agréable jusqu'à un jour, un tremblement de terre frappe l'école et tout change. Takeru se réveille pour trouver que l'école semble abandonnée depuis des siècles et réduite en ruines. Il se rend également compte que tous les enseignants et les élèves ont également disparu. Il rencontre Seri et Asuka et ils ont fui les ruines, seulement pour réaliser que la ville dans laquelle ils vivaient est complètement vide. Par la suite, des gens enveloppés de manteaux se présentent devant lui. On leur a dit qu'ils avaient été amenés dans un autre monde.