Kirihara Aruto aime les histoires d'Alice, tellement qu'il commence à en écrire une. Une nuit en écrivant, il voit une fille par sa fenêtre qui, selon lui, est Alice. Il la suit et découvre qu'elle est appelée Sourcier d'Alice, et avec les pouvoirs qui lui sont conférés, elle combat les autres chercheurs d'Alice pour prendre leur histoire éternelle, afin de trouver la partie qui appartient à l'Éternel Alice. Tout au long des aventures d'Aruto avec Arisugawa Arisu, sa petite sœur Kirihara Kiraha et leurs différents amis, ils découvrent plus sur le pays d'Alice, sur les romans, l'homme qui les a écrits, et leurs propres pouvoirs.