La date est 2002, trois ans après les événements de PATLABOR 1 – Mobile Police. La destruction d'une équipe de travail des Nations Unies en Asie du Sud-Est commence par la mise en place d'un plan terroriste meurtrier qui menace d'envoyer des ondes de choc dans l'ensemble de l'armée japonaise. Avec la preuve d'une prise de contrôle militaire imminente, les membres dispersés de la SVD originale (Division des véhicules spéciaux) doivent se rassembler pour défendre la ville contre le danger. Pour aggraver les choses, le cerveau derrière l'opération n'est autre que l'ancien professeur de Nagumo et l'ex-amoureux Tsuge.