Après le meurtre de son père, Ryuuko Matoi a erré dans le pays à la recherche de son tueur. Après sa seule avance – la moitié manquante de son invention, la Blade de ciseaux – elle arrive à la prestigieuse Académie Honnouji, une école secondaire différente des autres. L'académie est gouvernée par l'imposante et froide présidente du conseil étudiant Satsuki Kiryuin aux côtés de ses puissants sous-entendants, les Elite Four. Dans la hiérarchie brutalement compétitive de l'école, Satsuki attribue à ceux qui se trouvent au sommet des vêtements spéciaux appelés uniformes Goku, ce qui confère au porteur des capacités surhumaines uniques.