Après le meurtre de son père, Ryuuko Matoi a erré à travers le pays à la recherche de son assassin. Suivant sa seule piste-la moitié manquante de son invention,la Lame de ciseaux-elle arrive à la prestigieuse Académie Honnouji, un lycée pas comme les autres. L'académie est dirigée par l'imposante et froide présidente du conseil étudiant Satsuki Kiryuuin aux côtés de ses puissants subordonnés, les Elite Four. Dans la hiérarchie brutalement compétitive de l'école, Satsuki confère à ceux qui sont au sommet des vêtements spéciaux appelés uniformes Goku, qui confèrent au porteur des capacités surhumaines uniques.