Après le meurtre de son père, Ryuuko Matoi erre dans le pays à la recherche de son tueur. Suivant sa seule piste—la moitié manquante de son invention, la Lame de ciseaux—elle arrive à la prestigieuse Académie Honnouji, un lycée pas comme les autres. L'académie est dirigée par Satsuki Kiryuuin, président du conseil des étudiants, imposant et au cœur froid, aux côtés de ses puissants sous-fifres, les Quatre Élites. Dans la hiérarchie brutalement compétitive de l'école, Satsuki confère à ceux qui sont au sommet des vêtements spéciaux appelés "Uniformes de Goku", qui confèrent au porteur des capacités surhumaines uniques. Complètement battue dans un combat contre l'un des étudiants en uniforme, Ryuuko se retire dans sa maison rasée où elle tombe sur Senketsu, un "Kamui" rare et sensible, ou Vêtements de Dieu. Après être entré en contact avec le sang de Ryuuko, Senketsu se réveille, s'accrochant à elle et lui fournissant un pouvoir immense. Maintenant, armée de Senketsu et de la Lame de Ciseaux, Ryuuko prend position contre les Quatre Élites, espérant atteindre Satsuki et découvrir le coupable du meurtre de son père une fois pour toutes.