La ville fictive japonaise nommée Sugomori City est construite sur des terres récupérées. Mais au fil des années, la population de la ville diminue. Un jour, Sonosaki dit à sa camarade de classe Katsuhira : Vous avez été sélectionné pour être Kiznaiver. Le système Kizuna, qui permet à Katsuhira de partager ses blessures, le relie aux camarades de classe dont la vie et la personnalité diffèrent complètement de la sienne. Le système Kizuna est un système incomplet pour la mise en œuvre de la paix mondiale qui relie les gens par des blessures. Tous ceux qui sont connectés à ce système sont appelés Kiznaivers. Lorsqu'un Kiznaiver est blessé, le système divise et transmet la blessure entre les autres Kiznaivers.