Otonashi se réveille dans l'au-delà pour découvrir qu'il n'a aucun souvenir de sa vie avant la mort. Désespéré de survivre dans une guerre qui pourrait lui réserver un autre sort malheureux, il rejoint le SSS dans la bataille contre Angel, dont la mission même est de détruire tous les habitants de cet au-delà. Alors qu'Otonashi a du mal à retrouver la mémoire et à en apprendre davantage sur ce monde, il constate que tout n'est pas comme il y paraissait.