Otonashi se réveille dans l'au-delà pour découvrir qu'il n'a aucun souvenir de sa vie avant la mort. Désespéré de survivre dans une guerre qui pourrait donner un autre sort malheureux, il rejoint le SSS dans la bataille contre Angel, dont la mission même est de détruire tous les habitants de cette après-vie. Alors qu'Otonashi lutte pour récupérer sa mémoire et en apprendre plus sur ce monde, il trouve que tout n'est pas comme il l'avait semblé.