Gen Kudou, un fabricant de koto, pense que son petit-fils délinquant Chika ne comprendrait jamais la profondeur de l'instrument de musique traditionnel. Pour tenter de compenser sa naïveté et de comprendre les paroles de son défunt grand-père, Chika essaie de rejoindre le club de Koto du lycée Tokise. Même si le club a un besoin urgent de membres, le nouveau président du club, Takezou Kurata, ne veut pas accepter facilement la candidature de Chika en raison de sa mauvaise réputation. Néanmoins, après avoir vu le sérieux et l'enthousiasme de Chika, Takezou permet à l'enfant à problème de se joindre, avec le prodige de koto Satowa Houzuki et trois des amis énergiques de Chika. Kono Oto Tomare! suit la joyeuse bande de musiciens alors qu'ils aspirent à jouer au concours national.