Comme le monde est au milieu d'une révolution industrielle, un monstre apparaît qui ne peut être vaincu que si son cœur, qui est protégé par une couche de fer, est percé. En infectant les humains avec sa morsure, le monstre peut créer des créatures agressives et non mortes connues sous le nom de Kabane. Sur l'île d'Hinomoto, située à l'extrême est, les gens ont construit des stations pour se protéger de ces créatures. Les gens accèdent à la gare, ainsi que des marchandises de transport entre eux, avec l'aide d'une locomotive fonctionnant à la vapeur, appelé Hayajiro. Ikoma, un garçon qui vit dans la station Aragane et aide à construire Hayajiro, crée sa propre arme appelée Tsuranukizutsu afin de vaincre les créatures. Un jour, alors qu'il attend une occasion d'utiliser son arme, il rencontre une fille nommée Mumei, qui est exemptée de l'inspection obligatoire de Kabane. Pendant la nuit, Ikoma retrouve Mumei alors qu'il voit Hayajiro hors de contrôle. Le personnel de la locomotive s'est transformé en créatures. La station, actuellement attaquée par Kabane, est l'occasion qu'Ikoma cherche.