Dans un autre temps, le Japon a été divisé après avoir perdu la Seconde Guerre mondiale : Hokkaido a été annexé par l'Union alors que Honshu et d'autres îles du sud étaient sous souveraineté américaine. Une gigantesque et mystérieuse tour fut construite à Hokkaido et pouvait être vue clairement depuis Aomori (la préfecture la plus au nord de Honshu) à travers le détroit de Tsugaru. Au cours de l'été 1996, trois élèves de la 9e année ont promis qu'un jour ils construiront un avion et démanteleront le mystère de la tour, mais leur projet a été abandonné après que la jeune fille, Sayuri Sawatari, ait commencé à souffrir de la maladie du sommeil et à être transférée à Tokyo pour un meilleur traitement. Trois ans plus tard, Hiroki Fujisawa a accidentellement découvert que Sayuri était dans le coma depuis, et il a demandé à Takuya Shirakawa de l'aider à trouver un moyen de la relancer. Ce qu'ils ne savent pas encore, c'est que l'inconscience de Sayuri est en quelque sorte liée aux secrets de la tour et du monde.