Le premier film dans une adaptation trilogie de la troisième voie du roman visuel populaire: Le destin / nuit de séjour. 10 ans après la guerre du Graal, une bataille menée par les maîtres et les serviteurs au sujet du conteneur, le Graal, une autre guerre éclate à Fuyuki City. Shirou Emiya, le fils adoptif de Kiritsugu Emiya, participant à la guerre du Graal précédente, mène une vie paisible avec des gens qui lui sont chers. Particulièrement proche de lui est son subalterne Sakura Matou, qui apporte la bonté dans sa vie autrement solitaire. Mais une fois la guerre du Graal commencée, la vie paisible de Shirou est anéantie.